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PG 586: ProBio - Prozessorientierte Verarbeitung von Biomedizinischen Daten

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Die Einzelvorstellung fand am Montag, den 2. Juni um 10 Uhr im Raum OH14/105 statt.


Zusammenfassung des Themas

Im Bereich der Biomedizin werden umfangreiche Studien durchgeführt, um neue Erkenntnisse über die Ursachen für bestimmte Krankheiten oder Symptome zu erhalten und herauszufinden, welche Parameter den Gesundheitszustand eines Patienten beeinflussen. Bei diesen Untersuchungen kann es sich um einfache Fragebögen handeln, die die Patienten beantworten oder um die Aufnahme allgemeiner Informationen wie Geschlecht, Alter und Größe. Für veränderliche personenbezogene Daten wie dem Gewicht werden Messreihen erstellt. Weiterhin werden Experimente durchgeführt, die zum Beispiel die Konzentrationen bestimmter Parameter in Blut- oder Gewebeproben bezüglich RNA, DNA oder Proteinen messen. Im Verlauf einer Studie werden die Rohdaten für Korrelationen und statistische Auswertungen verwendet.

Insbesondere in großen Projekten arbeiten mehrere Forschergruppen zusammen, die unterschiedliche Aufgaben übernehmen. Damit die o.g. Daten allen Forschergruppen zur Verfügung stehen, müssen diese zentral erfasst und dauerhaft gespeichert werden. Dabei ist zu berücksichtigen, dass gewisse Informationen erst nach einer Veröffentlichung verfügbar sein dürfen und es eine komplexe Rechtestruktur gibt, die den lesenden und schreibenden Zugriff auf Informationen bezüglich Forschergruppe und innerhalb der Gruppe bezüglich den einzelnen Forschern reglementiert.

Die Aufgaben der Forscher bestehen unter anderem in der Durchführung von Experimenten, Generierung und Umgang mit Blut- und Gewebeproben sowie der statistischen Auswertung der Rohdaten. Derzeit werden die dabei involvierten Arbeitsabläufe zumeist manuell anhand von textuellen Beschreibungen, den Protokollen, durchgeführt. Dabei ist der durchführende Forscher nicht in jedem Bereich Experte. Das gilt insbesondere für die statistischen Auswertungen. Die Ergebnisse werden in lokalen, uneinheitlichen Datensätzen abgelegt (z.B. in Excel-Sheets) oder in Papierform vorgehalten (z.B. bei Fragebögen).

Ziel der Projektgruppe ist es, eine prozessorientierte Webanwendung in Zusammenarbeit mit Biomedizinern aus São Paulo in Brasilien zu entwickeln. Dies geschieht im Rahmen eines großen, interdisziplinären Projektes, an dem weitere Arbeitsgruppen aus verschiedenen Fachbereichen (insgesamt über 60 Forscher) mitwirken. Dieses Projekt befasst sich mit dem Phänomen von den ganzen Körper betreffenden Entzündungen, die häufig bei kachektischen Krebspatienten auftreten. Das sind Patienten, bei denen einhergehend mit der eigentlichen Krebserkrankung eine sehr starke Abmagerung einsetzt. Die zu entwickelnde Anwendung soll erlauben, die anfallenden Daten des mehrjärigen Projektes zentral zu erfassen und zu verarbeiten.


Materialien



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Kontakt

Dipl.-Inf. Oliver Bauer
Dr. Johannes Neubauer
Tel.: 0231 755-7779
Prof. Dr. Bernhard Steffen